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重庆医药高等专科学校的前身是创建于1948年的中国人民解放军华东野战军第一后方医院卫生学校;1950年，更名为西南区川东医士学校;1953年，改名为重庆市卫生学校，后更名为四川省重庆医士学校;1956年，学校一分为二，成立四川省重庆医士学校;1958年，升格为重庆医学专科学校，后更名为四川省重庆卫生学校;1998年，更名为重庆市卫生学校;2006年，重庆市药剂学校、重庆市卫生学校、重庆市第二卫生学校合并升格成立重庆医药高等专科学校。
截至2020年9月，重庆医药高等专科学校占地面积543亩，建有八个教学院部，开设22个高职专科专业;共有教师671人，在校生11000余人。